Что такое синхронизация? Она передает мою историю на сервер? Может кто-то таким образом прочитать мою суперсекретную любовную переписку?
Синхронизация происходит исключительно на локальной машине без соединения с интернетом (не верите, используйте файервол или снифер, или вообще отключитесь от интернета). Она нужна для двух основных задач: во-первых, склеивать вместе две истории с разных R&Q (например с рабочей и домашней); во-вторых, импортировать историю из других клиентов.

Что подразумевается под добавлением истории от одного контакта к другому?
Например, у Вас в контактах есть некий Петя Иванов, с которым Вы общались, а потом он сменил номер и стал писать с другого. Эта функция позволяет приклеить его старую историю к его новому номеру. Для этого сначала нужно выбрать контакт к которому добавлять (из списка), а потом файл со старой историей. Таким образом. все его сообщения получат новый UIN и будут добавлены в новую историю.

Я пытаюсь синхронизировать истории но появляется сообщение «Please, close all chat pages! (Закройте окно чата!)», хотя окно чата закрыто. Что делать?
У Вас окно чата не закрыто, а просто свернуто. Для того чтобы действительно закрыть все окна нужно на каждой вкладке два раза кликнуть левой кнопкой мыши.

Я пытаюсь импортировать историю из ICQLite, но в отчете написано: «Find 0 files».
Историю ICQLite следует искать в папке: "C:\Documents and Settings\_user_\Application Data\ICQLite\HistoryDB".

Как импортировать историю из Sim, Trilian и других?
С помощью плагина синхронизации — никак. Поскольку плагин писался изначально для себя (а мне, в первую очередь, нужно было синхронизировать историю между двумя R&Q), то это направление было приоритетным. Импорт из некоторых других (наиболее популярных) клиентов был добавлен по просьбам пользователей. А с просьбами об импорте из этих клиентов народ не обращался. В дальнейшем, я не планирую заниматься улучшением и добавлением поддержки новых форматов.

Как можно сделать экспорт истории из R&Q в какой-нибудь удобочитаемый формат (txt, html)?
Это можно сделать стандартными средствами R&Q через контекстное меню окна чата.